Webinaire de la SFB – lundi 13 octobre 2025
La Société Française de Biophysique (SFB) a mis en place en janvier 2025 une série de webinaire afin de faire connaître les divers aspects et applications de la biophysique en France. Les webinaires auront lieu à une fréquence d’une présentation par trimestre. Les jeunes biophysicien(ne)s sont particulièrement invité(e)s à se proposer pour faire connaître leurs travaux.
Le prochain webinaire de 2025 aura lieu le lundi 13 octobre à 12h30 avec une présentation de
Nessim Raouraoua
de l’Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) », équipe « Biologie computationnelle moléculaire et systémique » dirigée par Marc Lensink, à Lille.
Nessim nous présentera ses travaux concernant :
« MassiveFold: empowering AlphaFold through massive computations »
Abstract
Massive sampling of AlphaFold2 predictions unveils high-quality models that are not produced otherwise. MassiveFold presents a scalable pipeline for protein structure prediction and targeted massive sampling, making the recent advances in deep-learning-based protein complex structure modeling usable by all. Motivated by the joint CASP-CAPRI community experiments and by the computational limitations of single-run massive sampling with AlphaFold, we designed a workflow that exploits diversity parameters, and can utilize resources ranging from single-GPU setups to clusters of any practical size. Based on the lessons that we learned from our participation in the last CASP16-CAPRI experiment, we propose a practical decision policy that uses AlphaFold2’s default runs (25 base predictions) to identify targets that benefit from massive sampling. Additionally, we are releasing the data that we produced to further accelerate the development of better scoring methods.