Déchiffrer la régulation d’enzymes de l’acquisition et de l’assimilation du CO2 chez la diatomée Phaeodactylum tricornutum
Type d'annonce : Offre de thèse
De : BIP , Marseille - site internet
L’objectif du sujet de thèse est de déchiffrer la régulation d’enzymes de l’acquisition et de l’assimilation du CO2 chez la diatomée Phaeodactylum tricornutum. La photosynthèse a lieu dans le chloroplaste des diatomées, dont les propriétés moléculaires différent de ceux des modèles d’étude classiques (chloroplaste des viridiplantaes ou cyanobactéries). Le CO2 est accumulé au sein du chloroplaste par un mécanisme de concentration du CO2 biophysique dont les acteurs sont des transporteurs de bicarbonate et des anhydrases carboniques. Parmi celles-ci, les diatomées possèdent une anhydrase carbonique atypique: la iota-CA, active sans cofacteur métallique, est surexprimée lors des changements des conditions de cultures de haute vers atmosphérique ou faible concentration de CO2. Le/La doctorant(e) aura pour objectif de décrire les propriétés enzymatiques de la iota-CA, ces propriétés catalytiques, ses cofacteurs. Le doctorant / la doctorante mettra en place des tests d’activité, et produira les protéines sauvages et mutantes recombinantes (déjà produite par le laboratoire). En parallèle, les partenaires de iota-CA seront identifiés par des approches biochimiques (pool down).
Le CO2 est assimilé par la Ribulose 1,5 Bisphophate Carboxylase/Oxygénase (RuBisCO), dont le substrat est renouvelé par le cycle de Calvin Benson Bassham (CBB). La régulation de certaines enzymes du cycle CBB comme la phosphoribulokinase ou la glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogénase diffère de celle des viridiplantae. Le doctorant / la doctorante utilisera également les tests d’activités disponibles au laboratoire pour évaluer les propriétés moléculaires de ces enzymes et leurs conditions d’activations (pH, redox, cofacteur). Le doctorant / la doctorante comparera les activités catalytiques d’enzymes recombinantes avec celles mesurées sur des extraits cellulaires de cellules de diatomées. L’existence hypothétiques de complexes supramoléculaires sera recherchée par des approches de pool down, et leurs partenaires d’interactions seront identifiés.
Dans un deuxième temps, l’étudiant/l’étudiante utilisera des diatomées sauvages et mutantes (délétion de protéines régulatrices ou de iota-CA) obtenues dans le cadre du projet AlgAdvance pour comparer la quantité de métabolites de la photosynthèse par RMN en collaboration avec l’équipe. Une approche de protéomique comparative quantitative sera également mise en place en collaboration avec la plateforme protéomique de l’IMM.
Contexte de travail
Au laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, les différentes équipes s’intéressent à différents aspects de l’adaptation des microorganismes à leur environnement par des méthodes d’enzymologies spécifiques (biochimiques et biophysiques comme la RMN, la RPE, l’électrochimie…). En particulier, les voies d’assimilations et d’acquisition du CO2 en lien avec les processus énergétiques mobilisés sont décryptés sur plusieurs organismes, procaryotes et eucaryotes.
Contraintes et risques
Pas de contrainte spécifique. Des visites ponctuelles dans les laboratoires des partenaires du projet AlgAdvances (BIAM à Cadarach, LPCV à Grenoble, GEPEA à Saint Nazaire) sont envisagées. Le candidat devra être validé par l’officier de sécurité national.
Détails de l'annonce
- Profil : Biologie moléculaire et structurale, biochimie
- Durée de contrat : 36 mois
- Date de prise de fonction : 01/10/2023
- Documents à fournir pour candidater : CV, Lettre de motivation, Lettre de recommandation
- Date limite de candidature : 31/07/2023
Personne à contacter
- Nom : LAUNAY Hélène
- Email : hlaunay@imm.cnrs.fr